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DNA微阵列实验指南


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DNA微阵列实验指南
  • 书号:9787030172990
    作者:D.鲍特尔 J.萨姆布鲁克;陆祖宏 吕华 孙啸
  • 外文书名:DNA Microarrays:a Molecular Cloning Manual
  • 丛书名:生命科学实验指南系列
  • 装帧:平脊精装
    开本:16
  • 页数:712
    字数:1026
    语种:中文
  • 出版社:科学出版社
    出版时间:2008-01-23
  • 所属分类:Q52 核酸
  • 定价: ¥118.00元
    售价: ¥94.40元
  • 图书介质:
    纸质书

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  DNA微阵列技术是一项能够分析基因组、基因表达特征性图谱的新技术。目前,DNA微阵列技术已被植物、动物和生物医学等领域广泛应用,本书内容全面、实验步骤翔实,集合了诸多前沿领域专家的理论知识和实践经验。本书不但提供了权威而详细的有关DNA微阵列设计、构造和应用的知识,同时还详尽地阐述了软件工具的应用和数据分析要求,是一本非常实用的工具书。
  本书可供从事生物芯片研究开发以及生物信息学、分子生物学、生物技术等相关领域的教学科研人员和技术人员参考使用。
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目录

  • 译者序
    原著序
    前言
    原著作者名单
    第1章 点样微阵列探针的生成
    导言
    方案
     1.cDNA克隆集的复制和储存
    ·附加方案:使用冷冻菌种
     2.来自细菌克隆集探针的PCR扩增
    ·可选方案:作为扩增模板的质粒DNA的制备
     3.PCR产物的纯化
    ·可选方案:用乙醇沉淀法纯化扩增产物
     4.PCR产物的观察和评估
    ·附加方案:用PicoGreen进行定量
     5.点样法阵列备用DNA的重新悬浮及储存
     6.从酵母中分离和扩增用于阵列的材料
    信息栏
     克隆集
     点样微阵列中使用的对照
     基因组和cDNA文库中T1噬菌体的预防和检测
     长链寡核苷酸的点样:替代用于表达分析的cDNA阵列
     酵母探针
    参考文献
    因特网资源
    第2章 玻璃微阵列的点样
    导言
    方案
     1.制备用于微阵列的聚L-赖氨酸玻片
     2.在玻片上点样
     3.检查印刷玻片的质量
    ·替代方案:利用标记的引物杂交
     4.鹅毛笔针的保养与清洗
    信息栏
     微阵列接触印刷使用的点样仪与点样针
     用于点样的基底
    参考文献
    因特网资源
    第3章 RNA的表达分析
    导言
    PART Ⅰ  RNA分离
     导言
     方案
    1.来自哺乳动物组织和细胞的总RNA的纯化
    ·替代方案:从OCT包埋的病理样品中提取RNA
    2.用FastPrep仪器从组织中分离总RNA
    3.用TRIzol从植物组织中分离总RNA
    4.松树方法分离植物RNA
    5.用FastTrack分离poly(A)+RNA
    6.分离膜结合的多核糖体RNA
    7.用批量制备色谱法分离poly(A)+RNA
    8.用CsCl溶液超速离心分离RNA
    9.酵母总RNA的纯化
    ·替代方案:用锁相胶纯化RNA
    10.E.coli RNA的纯化
    11.从单细胞和少量组织中分离和扩增RNA
    ·替代方案:组织切片中RNA的原位转录
    ·附加方案:切片的吖啶橙染色
    12.RNA通用参考集
    PART Ⅱ  标记和杂交
     导言
     方案
    13.用反转录酶进行cDNA第一链的荧光标记
    ·替代方案:荧光标记的cDNA的纯化和浓缩(Microcon YM-30)
    14.用氨基烯丙基染料对DNA进行间接荧光标记
    15.用于为筛选DNA微阵列筛选产生靶序列的mRNA制备物的扩增
    ·附加方案:标记aRNA
    16.用于表达分析的少量mRNA的扩增
    17.用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记第二链DNA
    ·替代方案:用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记基因组DNA
    18.用生物素化核苷标记扩增RNA来与寡核苷酸阵列杂交
    ·附加方案:生物素化cRNA的片段化
    19.未掺入的Cy染料的回收:使用HPLC重新纯化
    20.杂交和杂交后洗涤
    ·附加方案:微阵列玻片的叠放
    疑难解答指南
    信息栏
     Alexa染料
     细菌微阵列
     用酚抽提蛋白质和DNA
     甲酰胺
     采用胍盐抽提RNA
     动物细胞及组织的匀浆
     抑制RNase
     哺乳动物、植物和细菌的RNA
     测量DNA染料标记的效率
     鼠白血病病毒反转录酶
     oligo-(dT)纤维素
     RNA的定量
     RNA操作的特别注意事项
     RNA的保存和回收
    参考文献
    因特网资源
    第4章 膜点样cDNA阵列
    导言
    PART Ⅰ  膜阵列的制备和杂交
     方案
    1.膜阵列的点样
    2.RNA的制备和标记
    3.靶分子与膜阵列的杂交
    ·附加方案:靶分子的清除和膜的重新利用
    PARTⅡ  数据的分析和解释
    参考文献
    因特网资源
    第5章 组织显微切割
    导言
    PART Ⅰ  徒手显微切割和激光俘获显微切割
     导言
     方案
    1.徒手显微切割
    ·替代方案:冰冻组织样品的显微切割
    2.激光俘获显微切割
    3.免疫-LCM
    4.应用于表达分析的显微切割组织的处理
    PART Ⅱ 激光压力弹射
    导言
     方案
    5.准备载玻片用于为LMPC进行组织切片
    6.用于LMPC的石蜡包埋组织切片的制备
    7.用于LMPC的新鲜冰冻组织切片的制备
    8.使用Zincfix固定组织的LPC用于mRNA谱分析
    9.使用液体盖玻片保护组织样品
    10.激光显微切割和弹射后活细胞的分离
    参考文献
    因特网资源
    第6章 基因组微阵列分析
    导言
    PART Ⅰ  微阵列检测DNA拷贝数
     导言
     方案
    1.cDNA微阵列比较基因组杂交
    2.制备BAC DNA用于通过连接介导PCR进行CGH
    3.BAC 基因组微阵列CGH
    4.基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析:靶DNA制备
    5.基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析:玻片制备及杂交
    PART Ⅱ  突变检测及SNP基因分型
     导言
     方案
    6.SBE-标签阵列用于SNP基因分型
    ·替代方案:为SBE进行多重扩增反应
    7.Affymetrix标签阵列用于SBE SNP基因分型
    8.高密度微阵列用于序列变异检测
    9.SNP阵列用于杂合性缺失分析
    PART Ⅲ  基于微阵列的DNA-蛋白质相互作用检测:微阵列上的染色质免疫沉淀
     导言
     方案
    10.应用阵列对酵母基因组上DNA-蛋白质相互作用作图
    11.酵母基因组的DNA-蛋白质相互作用作图:DNA扩增及标记
    PART Ⅳ  SNP序列:作图数据
    ·表6-7  多重引物集合:SNP作图数据
    ·表6-8  Affymetrix HuSNP芯片中的SNP在图谱上的位置
    参考文献
    因特网资源
    第7章 基因芯片生物信息学简介
    导言
    PART Ⅰ  微阵列表达实验的设计
    PART Ⅱ  图像分析
    PART Ⅲ  标准化
    PART Ⅳ  芯片数据的表示和评价
    PART Ⅴ  LIMS、数据库和数据管理
    PART Ⅵ  聚类分析与显示
    PART Ⅶ  多维尺度法和自组织图
    信息栏
     基因注释
     在研究人员之间共享微阵列数据
    参考文献
    因特网资源
    第8章 组织微阵列
    导言
    方案
     1.制备组织微阵列
    ·附加方案:手工制备组织阵列
     2.应用组织阵列进行原位杂交
     3.组织阵列上的免疫组织化学
    ·替代方案:抗原去隐蔽和胰蛋白酶消化
    参考文献
    因特网资源
    附录
    附录1  构建全长基因文库
    附录2  试剂、缓冲液和培养基
    附录3  注意事项
    附录4  供应商
    DNA微阵列网站
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