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R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用


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R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用
  • 书号:9787030166654
    作者:孙啸等
  • 外文书名:
  • 丛书名:生命科学实验指南系列
  • 装帧:平装
    开本:B5
  • 页数:430
    字数:542000
    语种:zh-Hans
  • 出版社:科学出版社
    出版时间:2006-07-01
  • 所属分类:TP3 计算技术、计算机技术
  • 定价: ¥98.00元
    售价: ¥78.40元
  • 图书介质:
    纸质书

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本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R语言是一种计算机程序设计语言,也是一个开放式的软件开发平台。R语言具有强大的数学统计分析和科学数据可视化功能,能提供各种数据处理、统计分析及图形显示工具。软件研究人员可以在R语言这个开放平台上不断扩充其功能,开发出面向特定应用的软件。Bioconductor就是一个基于R语言的、面向基因组信息分析的应用软件集合。Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前,它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具,其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理、分析、注释及可视化的。同时,Bioconduclor还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。
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    前言
    上篇 R语言
    第1章 R语言简介 3
    1.1 平台 3
    1.2 R语言的发展简史 4
    1.3 R语言和统计学 5
    1.4 运行R语言的环境及安装 6
    1.5 交互式使用R语言 7
    第2章 R语言的基本数据结构 12
    2.1 向量的赋值 12
    2.2 向量的基本运算 12
    2.3 构造向量 13
    2.4 逻辑向量 16
    2.5 字符向量 18
    2.6 复数向量 18
    2.7 获取向量子集和修正向量子集 19
    2.8 常量 21
    第3章 R语言对象 22
    3.1 对象的基本属性 23
    3.2 改变对象的长度 24
    3.3 获取对象的属性 25
    3.4 获取对象类 26
    第4章 分组因子 27
    4.1 分组因子 27
    4.2 聚集计算 28
    4.3 排序 29
    第5章 数组和矩阵 30
    5.1 定义数组 30
    5.2 数组子集操作 31
    5.3 构造数组 33
    5.4 数组计算 35
    5.5 矩阵 37
    5.6 数组矩阵合并 39
    5.7 定义数组的操作 41
    第6章 数据列表和数据单 43
    6.1 数据列表 43
    6.2 构造数据列表 44
    6.3 数据列表操作 44
    6.4 数据单 45
    第7章 导入导出数据 48
    7.1 高级函数 48
    7.2 低级函数 50
    7.3 命令台输入输出以及格式化 51
    7.4 使用R语言内含的数据集 52
    第8章 组合表达式和控制语句 54
    8.1 组合表达式 54
    8.2 控制语句 54
    第9章 函数 60
    9.1 排序的例子 60
    9.2 定义新的操作符 62
    9.3 参数名和参数缺省定义 62
    9.4 ‘...’形式的参数(虚参) 63
    9.5 函数和变量的作用范围 63
    9.6 类?通用函数和面向对象 65
    9.7 调试 67
    9.8 操作符号的优先级 68
    第10章 包 70
    10.1 标准包 70
    10.2 扩展包和CRAN 71
    10.3 包命名空间 71
    10.4 R语言中常用的包 71
    第11章 R语言中的统计 73
    11.1 R语言中的概率分布 73
    11.2 从离散数据集分析概率分布特性 76
    11.3 回归分析 80
    第12章 图形函数 90
    12.1 高级图形命令 90
    12.2 低级图形函数 98
    12.3 与图形进行交互 100
    12.4 利用图形参数 101
    12.5 图形参数列表 102
    12.6 设备驱动 108
    12.7 动态图形 111
    下篇 Bioconductor及其应用
    第13章 Bioconductor与DNA微阵列数据处理 115
    13.1 Bioconductor简介 115
    13.2 DNA微阵列 116
    13.3 微阵列数据处理与分析 118
    13.4 Bioconductor开发背景 126
    13.5 Bioconductor各种包的分类介绍 131
    第14章 Bioconductor的使用 140
    14.1 Bioconductor的获取和安装 140
    14.2 Bioconductor快速入门 143
    14.3 Bioconductor应用实例 145
    第15章 数据库访问 162
    15.1 Rdbi软件包 162
    15.2 RdbiPgSQL软件包 165
    15.3 SAGElyzer软件包 167
    第16章 图形及用户接口 174
    16.1 widgetTools包 174
    16.2 tkWidgets包 178
    16.3 geneplotter包 180
    16.4 hexbin包 185
    16.5 limmaGUI包 186
    16.6 affylmGUI包 188
    16.7 webbioc包 188
    第17章 图结构 190
    17.1 graph包 190
    17.2 RGBL包 200
    17.3 Rgraphviz包 204
    17.4 SNAData数据包 213
    第18章 通用工具 214
    18.1 reposTools包 214
    18.2 Biobase包 222
    18.3 Biostrings包 229
    18.4 DynDoc包 236
    18.5 Ruuid包 238
    18.6 ctc包 239
    18.7 convert包 240
    18.8 Icens包 241
    18.9 exprExternal和externalVector软件包 241
    第19章 注释 242
    19.1 annotate包 242
    19.2 AnnBuilder包 247
    19.3 Resourcer包 258
    19.4 SNPtools包 261
    19.5 Data packages包 262
    第20章 基因本体学 263
    20.1 goTools包 264
    20.2 ontoTools包 267
    20.3 GOstats包 276
    第21章 微阵列数据预处理 284
    21.1 affy包 284
    21.2 affycomp包 297
    21.3 affydata包 305
    21.4 affypdnn包 309
    21.5 affyPLM 包 313
    21.6 gcrma包 318
    21.7 makecdfenv包 320
    21.8 annaffy包 323
    21.9 marray包 330
    21.10 matchprobes包 343
    21.11 vsn包 348
    第22章 数据分析 351
    22.1 daMA包 351
    22.2 edd包 353
    22.3 factDesign包 358
    22.4 genefilter包 362
    22.5 globaltest包 365
    22.6 gpls包 371
    22.7 multtest包 375
    22.8 pamr包 381
    22.9 MeasurementError.cor包 385
    22.10 limma包 386
    22.11 ROC包 393
    22.12 siggenes包 396
    22.13 splicegear包 404
    22.14 RMAGEML包 407
    第23章 微阵列比较基因组杂交 408
    23.1 aCGH包 408
    23.2 DNAcopy包 413
    第24章 蛋白质组学 416
    24.1 PROcess包 416
    24.2 gpls包 420
    24.3 apComplex包 420
    主要参考文献 422
    附录 R语言常用功能一览表 423
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