大熊猫是我国特有的珍稀物种，是生物多样性保护的“旗舰物种”和“伞护物种”。大熊猫体内外存在大量微生物，大熊猫微生物组与其进化、营养、健康和生理等关系紧密。目前尚缺少对大熊猫微生物组研究成果的系统归纳总结。本书内容涵盖大熊猫肠道微生物组、生殖道微生物组、体表微生物组和口腔微生物组及微生物组研究方法等相关内容。
样章试读
目录
- 目录
第一章 大熊猫分布与演化1
第一节 大熊猫的分布1
一、野生大熊猫分布现状1
二、圈养大熊猫数量及分布4
第二节 大熊猫的演化与历史分布7
一、大熊猫的演化7
二、大熊猫的历史分布8
参考文献10
第二章 大熊猫生活习性与营养11
第一节 大熊猫的生活习性11
一、社会通讯11
二、昼夜活动节律12
三、生境选择13
四、食性14
五、繁殖15
第二节 大熊猫食物与营养16
一、大熊猫主食竹16
二、其他食物27
三、营养27
参考文献37
附件1 大熊猫的生长发育39
第三章 大熊猫生理结构与微生物组43
第一节 大熊猫呼吸、消化及生殖系统43
一、大熊猫形态43
二、大熊猫呼吸道器官解剖形态及位置43
三、大熊猫上消化道器官解剖形态及位置43
四、大熊猫胸腔内器官44
五、大熊猫腹腔内器官44
六、大熊猫粪便45
第二节 大熊猫微生物组48
一、肠道微生物与宿主的关系49
二、影响肠道微生物的因素50
三、高通量测序技术在肠道微生物研究中的应用51
四、大熊猫肠道微生物及功能51
参考文献56
第四章 大熊猫肠道微生物群落结构60
第一节 大熊猫肠道细菌种群结构60
一、基于可培养技术研究大熊猫肠道细菌群落结构61
二、基于免培养技术研究大熊猫肠道细菌群落结构65
第二节 大熊猫肠道放线菌种群结构88
一、基于可培养技术研究大熊猫肠道放线菌群落结构89
二、基于免培养技术研究大熊猫肠道放线菌群落结构90
第三节 大熊猫肠道真菌种群结构100
一、基于可培养技术研究大熊猫肠道真菌群落结构100
二、基于免培养技术研究大熊猫肠道真菌群落结构102
第四节 大熊猫肠道病毒108
一、大熊猫肠道病毒的流行108
二、肠道病毒的培养及生物学特性111
三、基于宏基因组测序研究大熊猫肠道病毒112
参考文献115
第五章 大熊猫肠道微生物群落的影响因素123
第一节 年龄对大熊猫肠道微生物的影响123
一、成年大熊猫肠道菌群123
二、老年大熊猫肠道菌群124
三、亚成年、成年和老年大熊猫肠道菌群组成对比126
第二节 性别对大熊猫肠道微生物的影响129
第三节 地域对大熊猫肠道微生物的影响132
一、圈养大熊猫肠道细菌菌群132
二、不同地域亚成年大熊猫肠道菌群132
三、不同地域成年大熊猫肠道菌群134
四、地域对肠道微生物的影响分析134
第四节 圈养、培训与放归对大熊猫肠道微生物的影响137
一、圈养、培训与放归及野生大熊猫的肠道细菌菌群138
二、圈养、培训与放归大熊猫的肠道真菌菌群139
三、圈养、培训与放归对大熊猫肠道菌群的影响分析141
第五节 食性转换对大熊猫肠道菌群的影响144
一、食性转换中大熊猫肠道细菌菌群的变化145
二、食性转换中大熊猫肠道真菌菌群的变化149
三、食性转换对大熊猫肠道菌群的影响分析152
第六节 竹子营养和微生物对圈养大熊猫肠道微生物的影响154
一、食用不同竹种的大熊猫肠道细菌菌群154
二、食用不同竹种的大熊猫肠道真菌菌群157
三、竹营养对大熊猫肠道微生物的影响159
四、不同竹种的细菌菌群161
五、不同竹种细菌对大熊猫肠道细菌菌群的影响163
六、不同竹种的真菌菌群164
七、不同竹种真菌对大熊猫肠道真菌菌群的影响166
八、竹营养与微生物对大熊猫肠道菌群的影响分析167
第七节 野生大熊猫主食竹的营养与微生物组169
一、大熊猫主食竹的营养170
二、大熊猫主食竹的细菌菌群172
三、大熊猫主食竹的真菌菌群175
四、基于培养组学的大熊猫主食竹的细菌菌群178
五、基于野外调查与分析的大熊猫食用竹的真菌类群191
参考文献195
第六章 大熊猫肠道微生物功能203
第一节 基于可培养技术的微生物功能解析203
一、对木质纤维素的降解功能203
二、益生功能204
第二节 基于宏基因组学的微生物功能解析208
一、基于宏基因组测序的基因功能分析208
二、基于宏基因组组装基因组（MAG）的功能注释分析210
第三节 基于宏转录组学的微生物功能解析216
一、COG、GO功能注释216
二、KEGG功能注释217
三、CAZy功能注释219
第四节 基于宏蛋白质组学的微生物解析功能221
第五节 基于代谢组学的微生物功能解析224
一、基于非靶向代谢组学的功能解析225
二、基于靶向代谢组学的功能解析227
三、基于核磁共振代谢组学的功能解析227
参考文献236
第七章 大熊猫肠道微生物与疾病240
第一节 大熊猫肠道致病菌及其生物学特性240
一、大肠杆菌240
二、肺炎克雷伯菌240
三、空肠弯曲菌241
四、亚利桑那沙门氏菌241
五、铜绿假单胞菌241
六、小肠结肠炎耶尔森氏菌242
七、溶血性链球菌242
八、不动杆菌242
九、毛霉菌243
十、白色念珠菌243
十一、其他肠道致病菌及其生物学特性243
第二节 大熊猫肠道细菌耐药性244
一、细菌的耐药机制245
二、大熊猫肠道细菌的耐药表型与基因型246
三、大熊猫细菌耐药性的控制策略256
第三节 大熊猫肠道细菌毒力与耐药基因257
一、基于宏基因组的毒力基因注释257
二、基于宏转录组和宏基因组的耐药基因注释258
三、基于全基因组的耐药基因和毒力基因的注释262
第四节 大肠杆菌烈性噬菌体分离与生物学特性研究274
一、噬菌体分离纯化274
二、噬菌体的透射电镜观察274
三、噬菌体裂解谱测定275
四、噬菌体最佳感染复数测定275
五、噬菌体一步生长曲线测定277
六、噬菌体温度和pH敏感性测定277
七、噬菌体氯仿敏感性279
八、大肠杆菌噬菌体分析279
参考文献280
第八章 大熊猫肠道寄生虫286
第一节 寄生虫分离鉴定及生物学特性286
一、大熊猫肠道寄生虫种类286
二、西氏贝蛔虫286
第二节 西氏贝蛔虫基因组与转录组292
一、西氏贝蛔虫基因组292
二、西氏贝蛔虫发育转录组296
三、西氏贝蛔虫分泌组300
第三节 基于宏基因组学和宏转录组学的大熊猫肠道寄生虫304
第四节 寄生虫的防控308
一、治疗性驱虫308
二、预防性驱虫308
三、大熊猫粪便的无害化处理308
四、重视和不断改善大熊猫的福利308
五、大熊猫寄生虫药物防治309
参考文献310
第九章 大熊猫生殖道微生物群落结构与功能313
第一节 基于可培养技术的细菌菌群313
第二节 基于16SrRNA高通量测序的细菌种群结构314
第三节 基于ITS高通量测序的真菌种群结构318
第四节 基于宏基因组的种群结构321
参考文献329
第十章 大熊猫口腔微生物331
第一节 大熊猫口腔微生物群落结构331
一、大熊猫口腔细菌333
二、大熊猫口腔真菌334
三、大熊猫口腔病毒334
第二节 大熊猫口腔微生物群落结构的影响因素335
一、年龄因素335
二、性别因素336
三、饮食因素336
四、环境因素336
五、疾病因素336
第三节 大熊猫口腔微生物与健康337
一、大熊猫口腔微生物的致病作用337
二、大熊猫口腔微生物的益生功能339
参考文献339
第十一章 大熊猫体表微生物342
第一节 大熊猫体表真菌研究现状342
一、大熊猫体表真菌研究概况342
二、真菌实验室鉴定方法342
第二节 基于培养的大熊猫被毛可培养真菌346
一、大熊猫体表真菌分离鉴定346
二、大熊猫体表真菌形态学特征347
第三节 基于高通量测序的大熊猫体表微生物菌群多样性研究371
一、大熊猫体表细菌种群结构371
二、大熊猫体表真菌种群结构375
参考文献378
第十二章 大熊猫微生物组学研究方法382
第一节 肠道微生物的分离培养及鉴定382
一、细菌382
二、放线菌383
三、真菌385
第二节 多组学方法分析肠道微生物391
一、粪便预处理392
二、基于扩增子研究微生物多样性392
三、基于宏基因组学研究微生物多样性393
四、宏转录组396
五、宏蛋白质组397
六、全基因组399
第三节 微生物学特性研究方法401
一、木质纤维素降解401
二、益生特性402
三、致病性405
四、耐药性406
参考文献411
京公网安备 11010102004214号