结合国内外文献报道，本书系统介绍了东北农业大学家禽课题组在鸡脂肪组织生长发育的分子遗传学基础领域内的研究进展。本书共 16 章，主要内容包括：肉鸡资源群体的建立，鸡脂肪组织的发育生物学研究，鸡生长与腹脂性状的 QTL 定位研究，鸡脂肪性状的全基因组关联分析、选择信号检测及拷贝数变异分析，基因间互作效应对肉鸡腹脂性状的影响，鸡脂肪组织生长发育相关重要基因和蛋白质的筛选，重要候选基因与鸡体脂性状的相关研究，鸡脂肪细胞的培养，鸡 A-FABP、PPARγ、C/EBPα、SREBP1、KLF 等基因的功能研究，鸡脂肪组织生长发育的表观遗传学研究，鸡脂肪组织生长发育的分子遗传学基础研究展望。内容既涉及经典的体脂性状QTL 定位、候选基因关联分析和分子遗传学研究的理论、方法与研究结果，又涵盖了近年来的研究热点，包括全基因组关联分析、选择信号检测、拷贝数变异分析的理论、方法与研究结果。同时本书着重阐述了对多个影响鸡脂肪组织生长发育重要基因功能的研究结果。
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前言
第一章 肉鸡资源群体的建立 1
第一节 东北农业大学肉鸡腹脂双向选择品系 1
一、概述 1
二、控制鸡体内脂肪沉积的研究进展 1
三、东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系 5
四、高、低脂系肉鸡肌肉、肝脏脂肪含量的比较 7
五、高、低脂系肉鸡血脂生化指标的比较分析 9
第二节 东北农业大学F2 资源群体 15
一、概述 15
二、东北农业大学F2 资源群体的基本信息 16
参考文献 18
第二章 鸡脂肪组织的发育生物学研究 24
第一节 脂肪组织的起源和形成 24
一、脂肪组织的起源 24
二、脂肪组织的形成 26
三、不同部位脂肪组织的异质性 27
四、同一部位脂肪组织的潜在异质性 29
第二节 脂肪组织的功能和分布 29
一、脂肪组织功能概述 29
二、脂肪组织的分布特点 30
三、白色脂肪组织和棕色脂肪组织 31
第三节 高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织的组织学观察与分析 32
一、高、低脂系肉鸡体重、腹脂重及腹脂率的比较 33
二、高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织的组织学差异 33
三、高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织中总细胞数量的比较 38
四、高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织细胞增殖能力的比较 38
参考文献 40
第三章 鸡生长与腹脂性状的QTL 定位研究 46
第一节 鸡生长和腹脂性状QTL 的初步定位 47
一、微卫星标记参数及家系遗传结构分析 47
二、遗传连锁图谱的构建 48
三、影响鸡体重和腹脂性状QTL 的初步定位 50
第二节 鸡体重和腹脂性状QTL 的精细定位 58
一、增加标记密度精细定位影响鸡体重和腹脂性状的QTL 58
二、扩大检测群体规模精细定位影响鸡体重和腹脂性状的QTL 61
三、进一步扩大检测群体规模精细定位影响鸡体重和腹脂性状的QTL 63
四、单倍型分析精细定位影响鸡体重的QTL 70
参考文献 76
第四章 鸡脂肪性状的全基因组关联分析、选择信号检测及拷贝数变异分析 79
第一节 鸡脂肪性状全基因组关联分析研究 79
一、全基因组关联分析研究的概念 79
二、全基因组关联研究效应的估计方法 79
三、鸡重要性状的全基因组关联研究进展 80
四、高、低脂系肉鸡腹脂性状全基因组关联分析研究 81
第二节 高、低脂系肉鸡选择信号分析 85
一、选择信号的概念 85
二、选择信号的检测方法 86
三、鸡全基因组选择信号分析研究进展 87
四、高、低脂系肉鸡选择信号的检测 87
第三节 高、低脂系肉鸡拷贝数变异分析 101
一、拷贝数变异的概念 101
二、拷贝数变异的检测方法 101
三、鸡拷贝数变异的研究进展 102
四、高、低脂系肉鸡拷贝数变异的检测 102
参考文献 107
第五章基因间互作效应对肉鸡腹脂性状的影响 112
第一节基因互作效应简介 112
一、互作效应的概念 112
二、检测互作效应的统计方法 112
第二节 候选基因互作效应研究 114
一、基因互作效应对畜禽复杂性状遗传学影响的研究进展 114
二、候选基因多态性位点间互作效应对肉鸡腹脂性状的影响 116
第三节 全基因组SNP 互作效应对肉鸡腹脂性状的影响 137
一、检测全基因组SNP 互作效应的统计方法 137
二、SNP-SNP 网络的相关研究进展 142
三、全基因组范围内SNP 互作效应对肉鸡腹脂性状的影响 143
参考文献 157
第六章 鸡脂肪生长发育相关重要基因和蛋白质的筛选 166
第一节 鸡脂质代谢的特点 166
一、脂肪酸的合成及运输 166
二、脂肪的合成、运输及分解 167
三、脂肪的沉积 168
第二节 鸡脂肪生长发育相关重要基因的筛选 169
一、肉鸡和蛋鸡间脂肪和肝脏组织差异表达基因的筛选 170
二、高、低脂系肉鸡脂肪和肝脏组织差异表达基因的筛选 173
第三节 鸡脂肪生长发育相关重要蛋白质的筛选 182
参考文献 189
第七章 重要候选基因与鸡体脂性状的相关研究 194
第一节 动物分子育种概述 194
一、标记辅助选择介绍 195
二、影响标记辅助选择效率的因素 195
三、影响畜禽肉质性状的基因或分子标记的研究进展 197
四、标记辅助选择的应用 197
第二节 鸡肌肉生长抑制素（Myostatin）基因多态性与体脂性状的相关研究 198
一、Myostatin基因单核苷酸多态性的检测 199
二、不同品种（系）鸡Myostatin SNP基因型和等位基因频率分布 200
三、Myostatin基因单核苷酸多态性与体脂性状的相关研究 202
第三节 鸡解偶联蛋白（UCP）基因多态性与体脂性状的相关研究 203
一、UCP基因多态性的检测 203
二、不同品种（系）中UCP基因SNP 等位基因和基因型频率分布 204
三、鸡UCP基因多态性与屠体性状的相关分析 205
第四节 鸡瘦蛋白受体（OBR）基因多态性与体脂性状的相关研究 208
一、OBR基因单核苷酸多态性的检测 209
二、不同品种（系）OBR基因外显子9 的c.8187 C>A 突变位点基因型和等位基因频率比较 210
三、OBR基因单核苷酸多态性与体脂性状的相关研究 210
第五节 鸡胰岛素样生长因子2（IGF2）基因多态性与体脂性状的相关研究 212
一、IGF2基因多态性检测 212
二、鸡IGF2 突变位点在不同品种（系）中等位基因频率和基因型频率分布 213
三、IGF2基因单核苷酸多态性与鸡体脂性状的相关分析 213
第六节 鸡脂肪酸结合蛋白（FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究 214
一、鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究 215
二、鸡心脏型脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究 221
三、鸡肠型脂肪酸结合蛋白（I-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究 224
四、鸡肝脏型脂肪酸结合蛋白（L-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究 226
五、鸡肝脏基础型脂肪酸结合蛋白（Lb-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究 229
第七节 鸡黑素皮质素受体4（MC4R）基因多态性与体脂性状的相关研究 232
一、鸡MC4R基因多态性检测 232
二、突变位点多态性与生长性状的相关分析 233
第八节 鸡苹果酸脱氢酶（MD）基因多态性与体脂性状的相关研究 235
一、鸡MD基因单核苷酸多态性检测及基因型分析 235
二、MD基因单核苷酸多态性与鸡体脂性状的相关分析 236
第九节 鸡载脂蛋白B（ApoB）基因多态性与体脂性状的相关研究 237
一、鸡ApoB基因多态性检测 237
二、鸡ApoB基因多态性与体脂性状的相关分析 239
第十节 鸡类胰岛素生长因子结合蛋白2（IGFBP2）基因多态性与体重和腹脂性状的相关研究 241
一、IGFBP2基因多态性检测 241
二、不同品种（系）鸡IGFBP2基因g.1196 C>A 等位基因和基因型频率分布 242
三、IGFBP2基因多态性与肉鸡生长和屠体性状的相关分析 242
第十一节 鸡甲状腺激素应答蛋白（Spot14α）基因多态性与体重性状的相关研究 245
一、鸡Spot14α基因多态性检测及基因型分析 245
二、鸡Spot14α基因多态性与体重性状的相关分析 247
三、Spot14α基因在东农F2 群体中的单倍型分析 249
第十二节 鸡胰岛素样生长因子1（IGF1）基因及其受体（IGF1R）基因多态性与体脂性状的相关研究 251
一、鸡IGF1、IGF1R基因多态性检测 251
二、鸡IGF1、IGF1R基因多态性与体脂性状的相关分析 252
第十三节 鸡乙酰辅酶A 羧化酶α（ACCα）基因与体脂性状的相关研究 255
一、鸡ACCα基因多态性检测和基因分型 256
二、鸡ACCα基因多态性与体脂性状的相关分析 256
第十四节 鸡过氧化物酶体增殖剂激活受体γ（PPARγ）基因多态性与体脂性状的相关研究 258
一、鸡PPARγ基因多态性检测 258
二、单倍型构建及连锁不平衡程度分析 259
三、PPARγ基因单倍型多态性与鸡生长和体组成性状的相关分析 260
第十五节 鸡CCAAT 增强子结合蛋白α（C/EBPα）基因多态性与体脂性状的相关研究 260
一、鸡C/EBPα基因序列分析及多态性检测 261
二、C/EBPα基因多态性与鸡体脂性状的相关分析 262
第十六节 鸡视网膜母细胞瘤基因1（RB1）基因多态性与体重性状的相关研究 263
一、SNP 分型结果 264
二、单位点SNP 与鸡体重的相关分析 264
三、单倍型与鸡体重的相关分析 267
第十七节 鸡脂肪酸合成酶（FAS）基因多态性与体脂性状的相关研究 269
一、FAS基因多态性检测 269
二、鸡FAS基因与体脂性状的相关分析 270
第十八节 鸡腹脂性状重要基因功能性SNP 鉴定研究 271
一、鸡载脂蛋白AⅠ（Apo-AⅠ）基因功能性SNP 的鉴定与分析 271
二、鸡类胰岛素生长因子结合蛋白2（IGFBP2）基因功能性SNP 的鉴定与分析 274
参考文献 278
第八章 鸡脂肪细胞的培养 291
第一节 脂肪细胞的来源、分布、结构和功能 291
一、脂肪细胞的来源 291
二、脂肪细胞的分布 292
三、脂肪细胞的结构 293
四、脂肪细胞的功能 293
第二节 鸡脂肪细胞的离体培养 294
一、前脂肪细胞的培养模式及其特点 294
二、前脂肪细胞的增殖与分化 297
第三节 油酸对鸡原代细胞的诱导分化作用 308
一、油酸诱导鸡成纤维细胞转分化为脂肪样细胞 308
二、油酸诱导鸡前脂肪细胞分化为脂肪细胞 311
参考文献 315
第九章 鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）的功能研究 323
第一节 鸡A-FABP基因的时空表达规律分析 324
一、鸡A-FABP基因的克隆与序列分析 324
二、鸡A-FABP基因在不同组织中的表达分析 324
三、鸡A-FABP基因在高、低脂系肉鸡脂肪组织中的表达差异分析 325
第二节 鸡A-FABP基因在脂类代谢中的功能研究 327
一、鸡A-FABP在“前脂肪细胞—诱导—转染”过程中的功能研究 327
二、鸡A-FABP在“前脂肪细胞—转染—诱导”过程中的功能研究 333
三、前脂肪细胞中鸡A-FABP的功能研究 337
参考文献 341
第十章 其他脂肪酸结合蛋白家族基因的功能研究 345
第一节 鸡H-FABP基因 346
一、鸡H-FABP基因的克隆与序列分析 346
二、鸡H-FABP基因的时空表达规律分析 347
第二节 鸡I-FABP基因 349
一、鸡I-FABP基因的克隆与序列分析 349
二、鸡I-FABP基因的时空表达规律分析 349
第三节 鸡L-FABP基因 352
一、鸡L-FABP基因的时空表达规律分析 352
二、鸡L-FABP基因的功能研究 358
三、鸡L-FABP基因的转录调控研究 363
第四节 鸡L-BABP基因 365
一、鸡L-BABP基因的组织表达特性分析 365
二、鸡L-BABP基因在高、低脂系肉鸡肝脏组织中的表达差异分析 365
三、鸡L-BABP基因的功能研究 369
四、鸡L-BABP基因的转录调控研究 375
五、鸡L-BABP和L-FABP 配基结合属性研究 377
参考文献 379
第十一章 鸡PPARγ基因的功能研究 384
第一节 鸡PPARγ基因的时空表达规律分析 385
一、鸡PPARγ基因在mRNA 水平的时空表达规律分析 385
二、鸡PPARγ基因在蛋白质水平的时空表达规律分析 387
第二节 PPARγ基因对鸡前脂肪细胞和鸡胚成纤维细胞增殖与分化的影响 389
一、PPARγ基因对鸡前脂肪细胞增殖与分化的影响 389
二、PPARγ基因对鸡胚成纤维细胞的转分化作用 395
第三节 鸡PPARγ基因启动子的克隆及活性分析 399
一、鸡PPARγ基因启动子的克隆及序列分析 399
二、鸡PPARγ基因5′侧翼区的启动子活性分析 400
第四节 PPARγ基因对脂质代谢调控机制的生物信息学分析 401
一、Motif 与筛选压力的确定 402
二、PPARγ 靶基因数据集的获取与功能基因组学分析 402
参考文献 405
第十二章 鸡C/EBPα基因和SREBP1基因的功能研究 410
第一节 鸡C/EBPα基因的功能研究 410
一、鸡C/EBPα基因的时空表达规律分析 411
二、鸡C/EBPα基因对鸡胚成纤维细胞的转分化作用 412
三、鸡C/EBPα 对PPARγ基因的转录调控作用 414
四、鸡C/EBPα 对L-FABP基因的转录调控作用 418
第二节 鸡SREBP1基因的功能研究 420
一、鸡SREBP1基因的时空表达规律分析 421
二、鸡SREBP1基因对鸡胚成纤维细胞的转分化作用 422
三、鸡SREBP1基因的转录调控作用分析 423
参考文献 424
第十三章 KLF 家族基因的功能研究 429
第一节 鸡KLF2基因的功能研究 431
一、鸡KLF2基因的克隆和序列分析 431
二、鸡KLF2基因的表达特性分析 431
三、鸡KLF2基因对鸡前脂肪细胞分化的影响 434
四、鸡KLF2 对C/EBPα 和PPARγ基因的表达调控研究 435
第二节 鸡KLF3基因的功能研究 436
一、鸡KLF3基因CDS 区的克隆 437
二、鸡KLF3基因的时空表达规律分析 437
三、鸡KLF3 对脂肪组织发育重要基因启动子活性的影响 439
四、突变PVDLT 模序中的Asp 残基对鸡KLF3 调控活性的影响 441
第三节 鸡KLF7基因的功能研究 442
一、鸡KLF7基因CDS 区的克隆及结构分析 443
二、鸡KLF7基因的表达特性分析 443
三、鸡KLF7基因对鸡前脂肪细胞分化和增殖的影响 447
四、鸡KLF7 对脂肪细胞分化标志基因启动子活性的影响 447
五、鸡KLF7基因辅助因子的相关研究 448
六、鸡KLF7基因多态性与鸡7 周龄屠体性状的相关研究 457
参考文献 458
第十四章 其他与鸡脂肪组织生长发育相关基因的功能研究 462
第一节 鸡Perilipin1基因的功能研究 462
一、鸡Perilipin1基因的克隆 463
二、鸡Perilipin1基因的组织表达特性分析 466
三、鸡Perilipin1 的亚细胞定位 468
四、鸡Perilipin1基因的功能研究 469
五、鸡Perilipin1基因启动子的克隆及活性分析 471
第二节 鸡LPL基因的功能研究 478
一、鸡LPL基因启动子的克隆及序列分析 478
二、鸡LPL基因启动子的活性分析 479
参考文献 481
第十五章 鸡脂肪组织生长发育的表观遗传学研究 484
第一节 鸡脂质代谢相关microRNA 的筛选 484
一、肉鸡前脂肪细胞microRNA 的分析鉴定 484
二、高、低脂系肉鸡前脂肪细胞差异表达microRNA 的筛选 490
第二节 DNA 甲基化与鸡脂肪组织的生长发育 498
一、鸡PPARγ基因启动子区DNA 甲基化分析 498
二、鸡C/EBPα基因启动子区DNA 甲基化分析 501
三、DNA 甲基化在鸡脂肪组织生长发育中的作用 503
参考文献 506
第十六章 鸡脂肪组织生长发育的分子遗传学基础研究展望 511
第一节 脂肪生成关键基因的系统筛选 511
一、基因组重测序 512
二、系统遗传学 514
三、遗传大数据 516
第二节 脂肪生成关键基因的功能研究及调控机制解析 517
一、基因功能研究 517
二、基因调控模式研究 518
三、结语 519
参考文献 519
索引 524
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