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本书较为系统地阐述了生物多样性的形成与维持机制，尤其是较为系统地总结了北京师范大学地表过程与资源生态国家重点实验室生物多样性研究团队在该领域所取得的一些成果，分析了当前生物多样性领域的前沿热点，并展望未来的发展方向。全书分3篇共12章，对生物多样性领域内一些重要新理论（如区域群落理论）、新概念（如全共生体）、新技术（如环境DNA、生物多样性基因组学）进行了较为系统的介绍，特别注重生态与进化的整合与交叉。

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  理论篇
  第1章 全功能体：解析生物多样性的形成和维持的一个新视角 3
  1.1 全功能体和全基因组概念 3
  1.2 共生微生物群落影响全功能体的适合度 5
  1.3 全功能体的遗传变异与进化 5
  1.4 小结 7
  第2章 谱系（亲缘）地理学 9
  2.1 谱系（亲缘）地理学研究中常用的分子标记 10
  2.2 谱系（亲缘）地理学的概念模型 10
  2.3 谱系（亲缘）地理学的分析方法 12
  2.4 谱系地理式样 14
  2.5 小结 15
  第3章 物种形成机制与协同进化 17
  3.1 物种的概念 17
  3.2 物种形成的理论模型 21
  3.3 生殖隔离机制与物种形成 23
  3.4 种间关系与协同进化 29
  第4章 区域群落生态学理论 32
  4.1 群落生态学发展简史 32
  4.2 生态位理论和中性理论 34
  4.3 区域群落生态学 36
  4.4 小结 41
  技术与方法篇
  第5章 系统发育基因组学 45
  5.1 预测直系同源基因 45
  5.2 多序列比对 49
  5.3 基因树 52
  5.4 物种系统发育关系推导 53
  5.5 系统发育网络推断 60
  5.6 建树误差来源 68
  第6章 种群历史动态推断 71
  6.1 种群历史动态推断的简要发展历史 71
  6.2 种群历史动态推断方法的主要类别 72
  6.3 应用 81
  第7章 实验进化方法 85
  7.1 实验进化的研究对象 86
  7.2 微生物实验进化 88
  7.3 实验进化的局限性及其新发展 97
  第8章 环境DNA在生物多样性和生态系统功能监测研究中的应用 99
  8.1 环境DNA分析技术流程 101
  8.2 环境DNA分析技术在生物多样性和生态系统功能研究方面的应用 106
  8.3 小结 112
  应用与成果篇
  第9章 东北虎豹长期定位监测及竞争与共存机制研究 115
  9.1 前言 115
  9.2 东北虎豹生物多样性长期定位监测体系 117
  9.3 鸟兽物种多样性监测结果 120
  9.4 东北虎豹共存与濒危机制研究 124
  9.5 小结 126
  第10章 土壤细菌群落的组装 128
  10.1 关于微生物群落组装的一般性认知 128
  10.2 观察微生物多样性模式 130
  10.3 实验检验扩散限制的重要性 130
  10.4 实验推测漂变和选择的重要性 134
  10.5 小结 137
  第11章 进化速率假说的实验验证 138
  11.1 温度影响进化速率的生理学和生态学机制 138
  11.2 温度对突变速率的影响 141
  11.3 温度对选择作用的影响 142
  11.4 温度对适应分化的影响 146
  11.5 小结 148
  第12章 中国北方森林中部分阔叶树种的历史生物地理学和杂交进化历史 149
  12.1 核桃属物种的历史生物地理学研究 149
  12.2 核桃属物种的杂交进化历史 152
  12.3 基因流对核桃属和栎属物种的进化历史的影响 155
  参考文献 158