本书专注于中药网络药理学的基本概念、研究方法和应用实例，旨在为读者提供全面的理论和实践指导。本书共分为五章。第一章为中药网络药理学概论，介绍中药网络药理学的提出背景、发展过程、研究模式、优势和挑战；第二章为中药网络药理学分析常用工具，介绍中药成分分析技术与工具、中药成分靶点检索工具、疾病靶点和常用特定疾病相关数据库、蛋白质相互作用及富集分析数据库、可视化相关工具及分子对接常用软件；第三章为中药网络药理学分析实践教程，详细介绍中药成分采集、成分靶点检索、疾病靶点检索、蛋白质相互作用数据库、基因功能富集分析、网络可视化及分子对接的实践流程；第四章为中药网络药理学模式研究案例，分别从中药网络药理学预测研究和中药网络药理学结合实验验证两个方面介绍中药网络药理学的研究模式；第五章为中药网络药理学应用研究案例，介绍中药网络药理学在中药药性理论、中药质量标志物、中药安全性评价、中药新药研发及中成药二次开发等方面的应用研究。
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目录
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第一章 中药网络药理学概论 1
1.1 中药网络药理学的提出与发展 1
1.1.1 提出背景 1
1.1.2 发展过程 2
1.1.3 发展现状 3
1.2 中药网络药理学研究模式 4
1.2.1 网络构建 4
1.2.2 网络可视化 6
1.2.3 网络分析 6
1.2.4 网络验证 7
1.3 中药网络药理学的优势和挑战 9
1.3.1 优势和应用 9
1.3.2 面临的挑战 13
1.3.3 发展的方向 16
参考文献 16
第二章 中药网络药理学分析常用工具 21
2.1 中药成分分析技术与工具 21
2.1.1 中药成分采集技术 21
2.1.2 中药成分检索工具 23
2.2 中药成分靶点检索工具 32
2.2.1 SwissTargetPrediction：生物活性小分子靶点检索网站 33
2.2.2 PharmMapper：药效团模型分子垂钓数据库 33
2.2.3 ChemMapper：靶点预测及化学关系研究平台 34
2.2.4 HIT 2.0：草药成分靶标平台 34
2.2.5 Bingding DB：药物靶点和小分子互作数据库 35
2.2.6 SEA：相似集成方法数据库 35
2.2.7 TargetNet：药物-靶标相互作用预测数据库 36
2.2.8 ChEMBL：药物化学数据库 37
2.2.9 STITCH：化学品相互作用网络 37
2.2.10 ZINC虚拟筛选市售化合物数据库 38
2.2.11 PDTD：潜在药物靶标库 38
2.2.12 SuperPred：化合物-靶标相互作用数据库 39
2.2.13 DGIdb：药物-基因相互作用数据库 40
2.2.14 HERB：中药高通量实验和参考指南数据库 40
2.2.15 ACNPD：抗肿瘤天然产物数据库 41
2.2.16 TCMIO：中药肿瘤免疫数据库 41
2.3 疾病靶点相关数据库 43
2.3.1 OMIM：在线孟德尔人类遗传数据库 43
2.3.2 TTD：治疗靶标数据库 43
2.3.3 DRUGBANK：药物和药物靶标数据库 44
2.3.4 DisGeNET：疾病综合信息查询平台 45
2.3.5 GeneCards：人类基因综合数据库 45
2.3.6 GEO：基因表达综合数据库 46
2.3.7 MalaCards：人类疾病数据库 46
2.3.8 GEPIA2：基于基因表达水平值的交互式分析平台 47
2.4 常用特定疾病相关数据库 48
2.4.1 HAGR：人类衰老基因组资源 48
2.4.2 ProMENDA：抑郁症相关蛋白质和代谢物网络数据库 48
2.4.3 CTD：比较毒理基因组学数据库 49
2.5 常用蛋白质相互作用数据库 50
2.5.1 STRING：互作基因/蛋白质检索工具 50
2.5.2 BioGRID：交互数据集生物通用存储库 50
2.5.3 IntAct：分子相互作用数据库 52
2.6 富集分析数据库 52
2.6.1 DAVID：生物信息整合富集分析功能数据库 53
2.6.2 Metascape：基因功能分析数据库 53
2.6.3 ClueGO：Cytoscape富集分析插件 53
2.6.4 FunRich：功能富集和网络分析工具 54
2.6.5 Reactome：生物过程知识库 55
2.6.6 GeneMANIA：基因功能分析数据库 56
2.7 中药-成分-靶点-疾病可视化相关工具 56
2.7.1 Cytoscape 57
2.7.2 Gephi 57
2.8 分子对接常用软件 57
2.8.1 SYBYL：综合分子模拟软件 58
2.8.2 Schrodinger：分子模拟软件 58
2.8.3 AutoDock：开源免费分子模拟软件 59
2.8.4 SeeSAR：药物设计软件 60
2.8.5 GOLD：计算大小分子结合模式的分子对接程序 60
参考文献 61
第三章 中药网络药理学分析实践教程 66
3.1 中药成分采集实践流程 66
3.1.1 数据库检索法：以 TCMSP数据库为例 66
3.1.2 实验数据定性法：高分辨质谱数据结合数据库进行成分表征 67
3.1.3 GNPS数据库实践案例 69
3.1.4 TCMID数据库实践案例 72
3.1.5 BATMAN-TCM数据库实践案例 74
3.2 中药成分靶点检索实践案例 76
3.2.1 SwissTargetPrediction实践案例 76
3.2.2 PharmMapper实践案例 78
3.2.3 ChemMapper实践案例 79
3.2.4 SEA实践案例 81
3.3 疾病靶点相关数据库使用实践流程 82
3.3.1 OMIM数据库使用实践流程 82
3.3.2 TTD数据库使用实践流程 83
3.3.3 DrugBank数据库使用实践流程 84
3.3.4 DisGeNET数据库使用实践流程 87
3.4 蛋白质相互作用数据库使用实践流程 89
3.4.1 STRING数据库研究蛋白互作实践流程 89
3.4.2 BioGRID数据库研究蛋白互作实践流程 90
3.5 基因功能富集分析实践流程 92
3.5.1 GO分析实践流程 92
3.5.2 KEGG分析实践流程 93
3.5.3 富集分析可视化实践流程 94
3.6 基于 Cytoscape的网络可视化实践流程 96
3.7 分子对接实践流程 99
3.7.1 从PDB数据库中筛选蛋白结构 100
3.7.2 小分子结构文件的获取 101
3.7.3 蛋白质受体结构的转换 101
3.7.4 小分子配体结构的转换 102
3.7.5 计算网格能量 103
3.7.6 运行AutoDock 103
3.7.7 结果可视化 105
第四章 中药网络药理学模式研究案例 106
4.1 中药网络药理学预测研究 106
4.1.1 中药网络药理学结合分子对接预测研究 106
4.1.2 中药网络药理学结合文献分析研究112
4.2 中药网络药理学结合实验验证 120
4.2.1 中药网络药理学结合分子生物学实验验证 120
4.2.2 中药网络药理学结合LC-MS成分分析研究 134
4.2.3 中药网络药理学结合基因转录组学研究 146
4.2.4 中药网络药理学结合蛋白质组学研究 162
4.2.5 中药网络药理学结合代谢组学研究 174
4.2.6 中药网络药理学结合微生物组学研究 183
参考文献 197
第五章 中药网络药理学应用研究案例 198
5.1 中药网络药理学在中药药性理论方面的应用研究 198
5.1.1 中药网络药理学在四性方面的应用研究 198
5.1.2 中药网络药理学在五味方面的应用研究 198
5.1.3 中药网络药理学在归经方面的应用研究 203
5.1.4 中药网络药理学在升降浮沉方面的应用研究 204
5.1.5 中药网络药理学在方剂配伍方面的应用研究 205
5.2 中药网络药理学在中药质量标志物方面的应用研究 209
5.3 中药网络药理学在中药安全性评价方面的应用研究211
5.4 中药网络药理学在中药新药研发方面的应用研究 218
5.5 中药网络药理学在中成药二次开发方面的应用研究 221
参考文献 236
附录主要英文缩写词英中对照 237
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