DNA微阵列技术是一项能够分析基因组、基因表达特征性图谱的新技术。目前，DNA微阵列技术已被植物、动物和生物医学等领域广泛应用，本书内容全面、实验步骤翔实，集合了诸多前沿领域专家的理论知识和实践经验。本书不但提供了权威而详细的有关DNA微阵列设计、构造和应用的知识，同时还详尽地阐述了软件工具的应用和数据分析要求，是一本非常实用的工具书。
本书可供从事生物芯片研究开发以及生物信息学、分子生物学、生物技术等相关领域的教学科研人员和技术人员参考使用。
样章试读
目录
- 译者序
原著序
前言
原著作者名单
第1章 点样微阵列探针的生成
导言
方案
1.cDNA克隆集的复制和储存
·附加方案：使用冷冻菌种
2.来自细菌克隆集探针的PCR扩增
·可选方案：作为扩增模板的质粒DNA的制备
3.PCR产物的纯化
·可选方案：用乙醇沉淀法纯化扩增产物
4.PCR产物的观察和评估
·附加方案：用PicoGreen进行定量
5.点样法阵列备用DNA的重新悬浮及储存
6.从酵母中分离和扩增用于阵列的材料
信息栏
克隆集
点样微阵列中使用的对照
基因组和cDNA文库中T1噬菌体的预防和检测
长链寡核苷酸的点样：替代用于表达分析的cDNA阵列
酵母探针
参考文献
因特网资源
第2章 玻璃微阵列的点样
导言
方案
1.制备用于微阵列的聚L-赖氨酸玻片
2.在玻片上点样
3.检查印刷玻片的质量
·替代方案：利用标记的引物杂交
4.鹅毛笔针的保养与清洗
信息栏
微阵列接触印刷使用的点样仪与点样针
用于点样的基底
参考文献
因特网资源
第3章 RNA的表达分析
导言
PART Ⅰ RNA分离
导言
方案
1.来自哺乳动物组织和细胞的总RNA的纯化
·替代方案：从OCT包埋的病理样品中提取RNA
2.用FastPrep仪器从组织中分离总RNA
3.用TRIzol从植物组织中分离总RNA
4.松树方法分离植物RNA
5.用FastTrack分离poly（A）＋RNA
6.分离膜结合的多核糖体RNA
7.用批量制备色谱法分离poly（A）＋RNA
8.用CsCl溶液超速离心分离RNA
9.酵母总RNA的纯化
·替代方案：用锁相胶纯化RNA
10.E．coli RNA的纯化
11.从单细胞和少量组织中分离和扩增RNA
·替代方案：组织切片中RNA的原位转录
·附加方案：切片的吖啶橙染色
12.RNA通用参考集
PART Ⅱ 标记和杂交
导言
方案
13.用反转录酶进行cDNA第一链的荧光标记
·替代方案：荧光标记的cDNA的纯化和浓缩（Microcon YM-30）
14.用氨基烯丙基染料对DNA进行间接荧光标记
15.用于为筛选DNA微阵列筛选产生靶序列的mRNA制备物的扩增
·附加方案：标记aRNA
16.用于表达分析的少量mRNA的扩增
17.用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记第二链DNA
·替代方案：用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记基因组DNA
18.用生物素化核苷标记扩增RNA来与寡核苷酸阵列杂交
·附加方案：生物素化cRNA的片段化
19.未掺入的Cy染料的回收：使用HPLC重新纯化
20.杂交和杂交后洗涤
·附加方案：微阵列玻片的叠放
疑难解答指南
信息栏
Alexa染料
细菌微阵列
用酚抽提蛋白质和DNA
甲酰胺
采用胍盐抽提RNA
动物细胞及组织的匀浆
抑制RNase
哺乳动物、植物和细菌的RNA
测量DNA染料标记的效率
鼠白血病病毒反转录酶
oligo-（dT）纤维素
RNA的定量
RNA操作的特别注意事项
RNA的保存和回收
参考文献
因特网资源
第4章 膜点样cDNA阵列
导言
PART Ⅰ 膜阵列的制备和杂交
方案
1.膜阵列的点样
2.RNA的制备和标记
3.靶分子与膜阵列的杂交
·附加方案：靶分子的清除和膜的重新利用
PARTⅡ 数据的分析和解释
参考文献
因特网资源
第5章 组织显微切割
导言
PART Ⅰ 徒手显微切割和激光俘获显微切割
导言
方案
1.徒手显微切割
·替代方案：冰冻组织样品的显微切割
2.激光俘获显微切割
3.免疫-LCM
4.应用于表达分析的显微切割组织的处理
PART Ⅱ 激光压力弹射
导言
方案
5.准备载玻片用于为LMPC进行组织切片
6.用于LMPC的石蜡包埋组织切片的制备
7.用于LMPC的新鲜冰冻组织切片的制备
8.使用Zincfix固定组织的LPC用于mRNA谱分析
9.使用液体盖玻片保护组织样品
10.激光显微切割和弹射后活细胞的分离
参考文献
因特网资源
第6章 基因组微阵列分析
导言
PART Ⅰ 微阵列检测DNA拷贝数
导言
方案
1.cDNA微阵列比较基因组杂交
2.制备BAC DNA用于通过连接介导PCR进行CGH
3.BAC 基因组微阵列CGH
4.基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析：靶DNA制备
5.基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析：玻片制备及杂交
PART Ⅱ 突变检测及SNP基因分型
导言
方案
6.SBE-标签阵列用于SNP基因分型
·替代方案：为SBE进行多重扩增反应
7.Affymetrix标签阵列用于SBE SNP基因分型
8.高密度微阵列用于序列变异检测
9.SNP阵列用于杂合性缺失分析
PART Ⅲ 基于微阵列的DNA-蛋白质相互作用检测：微阵列上的染色质免疫沉淀
导言
方案
10.应用阵列对酵母基因组上DNA-蛋白质相互作用作图
11.酵母基因组的DNA-蛋白质相互作用作图：DNA扩增及标记
PART Ⅳ SNP序列：作图数据
·表6-7 多重引物集合：SNP作图数据
·表6-8 Affymetrix HuSNP芯片中的SNP在图谱上的位置
参考文献
因特网资源
第7章 基因芯片生物信息学简介
导言
PART Ⅰ 微阵列表达实验的设计
PART Ⅱ 图像分析
PART Ⅲ 标准化
PART Ⅳ 芯片数据的表示和评价
PART Ⅴ LIMS、数据库和数据管理
PART Ⅵ 聚类分析与显示
PART Ⅶ 多维尺度法和自组织图
信息栏
基因注释
在研究人员之间共享微阵列数据
参考文献
因特网资源
第8章 组织微阵列
导言
方案
1.制备组织微阵列
·附加方案：手工制备组织阵列
2.应用组织阵列进行原位杂交
3.组织阵列上的免疫组织化学
·替代方案：抗原去隐蔽和胰蛋白酶消化
参考文献
因特网资源
附录
附录1 构建全长基因文库
附录2 试剂、缓冲液和培养基
附录3 注意事项
附录4 供应商
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