本书为国内第一本植物基因组学教材，全书共15章，系统介绍了植物基因组学基础理论和方法，包括植物基因组测序与拼接、转录修饰、进化选择和育种利用等经典内容，同时包括单细胞基因组、三维基因组和合成基因组等研究前沿。全书提供了植物基因组的总体概貌和共性知识。
样章试读
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第二版序
第一版序
第二版前言
第一版前言
第1章 绪论 1
第一节 基因组及基因组学概念 1
一、基因组基本概念 1
二、基因组学及其技术概述 3
三、基因组学发展简史 5
第二节 植物基因组特征与测序 8
一、植物基因组特征 8
二、植物基因组测序历史及其进展 11
第三节 植物基因组学展望与挑战 13
一、植物基因组学研究展望 13
二、植物基因组研究面临的挑战 14
第2章 植物基因组测序与拼装 16
第一节 基因组调查与测序 16
一、细胞遗传学分析 16
二、基因组调查测序与K-mer分析 18
三、植物基因组测序 20
第二节 植物基因组拼接组装 23
一、基因组拼接 23
二、染色体水平组装 26
第3章 植物基因组构成与注释 28
第一节 植物基因组大小与基本结构 28
一、植物基因组大小 28
二、植物基因组基本结构 30
第二节 植物基因组主要构成因子与鉴定 31
一、蛋白质编码基因 31
二、非编码RNA 36
三、重复序列 43
第4章 植物基因组转录 47
第一节 转录组概述 47
一、转录组及其测定 47
二、基因转录水平分析 49
第二节 植物基因组转录特征 50
一、植物转录本构成及其特征 50
二、编码基因转录水平变化 52
三、非编码RNA转录水平变化 54
第5章 植物基因组甲基化修饰 56
第一节 植物基因组甲基化特征及测定 56
一、植物基因组甲基化特征 56
二、基因组甲基化测定 57
第二节 植物基因组甲基化的分子机制与功能 60
一、植物基因组甲基化的分子机制 60
二、植物基因组甲基化的生物学功能 62
第6章 植物基因组进化 66
第一节 植物基因组保守性与变异 66
一、植物基因组保守性与进化 66
二、植物基因组复制及其变异机制 71
第二节 基因组多倍化 75
一、基因组片段倍增 75
二、基因组多倍化方式 77
三、基因组多倍化后二倍化过程 81
第三节 其他基因组进化机制 84
一、横向基因转移 84
二、B染色体和环状DNA 86
第7章 植物群体基因组 92
第一节 群体基因组学概述 92
一、群体基因组变异与进化分析 92
二、基因组选择信号检测方法 94
三、泛基因组分析 96
第二节 自然群体基因组特征与自然选择 97
一、自然群体基因组变异与进化 97
二、自然选择位点及其特征 100
第三节 作物群体基因组特征与人工选择 103
一、人工选择对作物基因组的影响 103
二、作物群体结构及其人工选择和遗传渐渗 107
三、作物泛基因组 111
第8章 植物单细胞基因组 114
第一节 单细胞组学概述 114
一、单细胞及其组学研究 114
二、单细胞组学关键技术 115
第二节 植物单细胞组学研究 116
一、植物单细胞组学研究状况 116
二、植物单细胞组学展望 121
第9章 植物三维基因组 123
第一节 三维（3D）基因组学概述 123
一、三维基因组及其检测技术 123
二、三维基因组学分析技术 128
第二节 植物三维基因组结构与分析 134
一、植物三维基因组结构 135
二、植物三维基因学分析 138
第10章 植物合成基因组 143
第一节 合成生物学概述 143
一、合成生物学概念及其技术 143
二、植物合成基因组意义与展望 148
第二节 植物基因组设计与合成 149
一、植物次生代谢途径人工合成 150
二、光合途径与高光效植物创制 152
三、植物底盘基因组 154
第11章 植物细胞器基因组 157
第一节 细胞器基因组概述 157
一、叶绿体基因组 157
二、线粒体基因组 161
第二节 细胞器基因组特征与利用 166
一、叶绿体基因组 166
二、线粒体基因组 170
第12章 植物功能基因挖掘技术 177
第一节 基于群体的基因挖掘技术 177
一、基于双亲群体的基因挖掘技术 177
二、基于自然群体的基因挖掘技术 180
第二节 基于遗传网络的基因挖掘技术 182
一、基因调控与共表达网络 182
二、蛋白质互作网络 186
三、多组学整合网络 188
第13章 植物功能基因组学技术 190
第一节 基因的突变与表达操控 190
一、突变体库的构建与分析 190
二、基因表达的操纵技术 194
第二节 基因编辑技术 196
一、ZFN和TALEN技术 196
二、基于CRISPR/Cas的基因编辑技术 198
第14章 组学数据育种利用 204
第一节 组学数据与作物育种 204
一、作物育种过程及其遗传本质 204
二、作物组学数据育种利用途径 204
第二节 作物育种选择的基因组学解析 209
一、遗传重组率图谱 209
二、作物遗传传递及其变异 211
三、杂种优势 214
第三节 组学相关育种技术 219
一、基因组选择 219
二、智能设计育种 222
三、其他组学育种技术 228
第15章 植物基因组数据资源 230
第一节 综合性基因组数据资源 230
一、国际门户网站及其基因组相关数据库 230
二、植物基因组数据库 232
第二节 植物转录与修饰相关数据资源 237
一、植物转录组相关数据库 237
二、植物基因组表观遗传修饰相关数据库 239
三、植物多组学数据库 240
主要参考文献 242
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本书第一版各论内容“代表性植物物种基因组”
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