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比较蛋白质组学的生物信息学(影印版)


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比较蛋白质组学的生物信息学(影印版)
  • 书号:9787030369901
    作者:(美)吴(Wu,C.H.)等
  • 外文书名:Bioinformatics for Comparative Proteomics
  • 装帧:平装
    开本:16
  • 页数:387
    字数:585000
    语种:en
  • 出版社:科学出版社
    出版时间:2013-03-01
  • 所属分类:Q51 蛋白质
  • 定价: ¥120.00元
    售价: ¥96.00元
  • 图书介质:
    纸质书 电子书

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随着生命科学和临床应用蛋白质组学技术的快速发展,许多生物信息学的研究方法、数据库、软件工具已经可以用于支持比较蛋白质组学的研究。本书分为3个主要部分,包括与比较蛋白质组学相关的基础生物信息学框架、蛋白质组学数据分析的生物信息学数据库和工具,以及在系统生物学背景下的比较蛋白质组学关于整合生物信息的系统学和研究方法。本书提供了详细的操作建议,逐步地描述操作过程,务求让使用者在实验室获得最佳的实验结果。
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  • Contents
    Preface
    Contributors xi
    PART I:BIOINFORMATICS FRAMEWORK FOR COMPARATIVE PROTEOMICS
    1 Protein Bioinformatics Databases and Resources 3
    Chuming Chen,Hongzhan Huang:and Cathy H. Wu
    2 A Guide to UniProt for Protein Scientists 25
    Claire O. Donolan and Rolf Apweiler
    3 InterPro Protein Classification 37
    Jennifer McDowall and Sarah Hunter
    4 Reactome Knowledgebase of Human Biological Pathways and Processes 49
    Peter D Eustachio
    5 eFIP:A. Tool for Mining Functional Impact of Phosphorylation from Literature 63
    Cecilia N. Arighi,Amy Y. Siu,Catalina O. Tudor,Jules A. Nchoutmboube,Cathy H. Wu,and Vijay K. Shanker
    6 A Tutorial on Protein Ontology Resources for Proteomic Studies 77
    Cecilia N. Arighi
    7 Structure-Guided Rule-Based Annotation of Protein Functional Sites in UniProt Knowledgebase 91
    Sona Vasudevan,C. R. Viayaka,Darren A. Natale,Hongzhan Huang:Robel Y Kahsay and Cathy H. Wu
    P ART II:PROTEOMIC BIOINFORMATICS
    8 Modeling Mass Spectrometry-Based Protein Analysis 109
    Jan Eriksson and Dalid Fenyo
    9 Protein Identification from Tandem Mass Spectra by Database Searching 119
    Nathan J. Edwards
    10 LC-MS Data Analysis for Differential Protein Expression Detection 139
    Rency S. Varghese and Habtom W. Ressom
    11 Protein Identification by Spectral Networks Analysis 151
    Nuno Bandeira
    12 Software Pipeline and Data Analysis for MS/MS Proteomics:The Trans-Proteomic Pipeline 169
    Andrew Keller and Dalid Shteynberg
    13 Analysis of High-Throughput ELISA Microarray Data 191
    Amanda M White,Don S Daly,and Richard C Zangar
    14 Proteomics Databases and Repositories 213
    Lennart Martens
    15 Preparing Molecular Interaction Data for Publication 229
    Sandra Orchard and Henning Hermjakob
    16 Submitting Proteomics Data to PRIDE Using PRIDE Converter 237
    Harald Barsnes,Juan Anwnio Vizcaino,Florian Reisinger,Ingvar Eidhammer,and Lennart Martens
    17 Automated Data Integration and Determination of Posttranslational Modifications with the Protein Inference Engine 255
    Stuart R Jefferys and Morgan C. Giddings
    18 An Integrated Top-Down and Bottom-Up Strategy for Characterization of Protein Isoforms and Modifications 293
    Si Wu,Nikola Tolil,Zhixin Tian,Errol W Robinson,and Ljiljana Pasa-Tolil
    PART III:COMPARATIVE PROTEOMICS IN SYSTEMS BIOLOGY
    19 Phosphoproteome Resource for Systems Biology Research 307
    Bernd Bodenmiller and Ruedi Aebersold
    20 Protein-Centric Data Integration for Functional Analysis of Comparative Proteomics Data 323
    Peter B McGarvey,Jian Zhang,Darren A Natale,Cathy H. Wu,and Hongzhan Huang
    21 Integration of Proteomic and Metabolomic Profiling as well as Metabolic Modeling for the Functional Analysis of Metabolic Networks 341
    Patrick May,Nils Christian,Oliver Ebenhob,Wolfram Weekwertb,and Dirk Walther
    22 Time Series Proteome Profiling 365
    Catherine A Formolo,Michelle Mintz,Asako Takanohashi,Kristy J Brown,Adeline Vanderver Brian Halligan,and Yetrib Hathout
    Index 379
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