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新一代基因组测序:通往个性化医疗


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新一代基因组测序:通往个性化医疗
  • 书号:9787030330079
    作者:薛庆中等
  • 外文书名:
  • 丛书名:生物信息学数据分析丛书
  • 装帧:平装
    开本:B5
  • 页数:228
    字数:312000
    语种:zh-Hans
  • 出版社:科学出版社
    出版时间:2012-01-01
  • 所属分类:Q7 分子生物学 Q78 基因工程(遗传工程)
  • 定价: ¥98.00元
    售价: ¥78.40元
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与传统测序技术相比,新一代测序(NGS) 技术具有超高速、高通量、低成本和高效益的强大优势;这种新兴技术的研发和新一代测序平台的建立对基因组研究、人类健康和社会认知都产生了重大影响,是当今前沿科学发展最为迅猛的领域。全书包括5个部分18章。第一部分和第二部分分别概述了传统的Sanger DNA测序和新一代测序平台的工作原理、方法和特点;第三部分剖析了困扰测序技术瓶颈及其解决方案;第四部分介绍了测序的商业化应用和新兴的测序平台;第五部分探讨了新一代测序技术在基因组学研究中的广泛应用。
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    译者序
    前言
    第一部分 Sanger DNA 测序
    1 Sanger DNA 测序 3
    1.1 Sanger 测序的基础 3
    1.2 人类基因组计划的未来 6
    1.3 局限性以及未来的机会 7
    1.4 生物信息学是关键 8
    1.5 下一步将往哪里走 8
    第二部分 新一代测序: 通往个性化医疗
    2 Illumina 基因组分析仪II 系统 13
    2.1 文库的制备 15
    2.2 簇的创建 15
    2.3 测序 16
    2.4 配对末端读序列 17
    2.5 数据分析 17
    2.6 应用 19
    2.7 结论 22
    3 应用系统生物公司(ABI) SOLiDTM系统: 基于连接的测序 25
    3.1 引言 25
    3.2 SOLiDTM系统概述 26
    3.3 SOLiDTM系统应用 30
    3.4 结论 34
    4 新一代基因组测序: 454 / Roche GS FLX 37
    4.1 引言 37
    4.2 技术概述 38
    4.3 软件和生物信息学 40
    4.4 研究应用 42
    5 聚合酶克隆测序: 历史、技术及应用 48
    5.1 介绍 48
    5.2 聚合酶克隆测序的历史 48
    5.3 聚合酶克隆测序 53
    5.4 应用 58
    5.5 结论 63
    第三部分 瓶颈: 序列数据分析
    6 新一代测序(NGS) 数据分析 67
    6.1 为什么新一代序列分析有所不同? 67
    6.2 序列搜索策略 68
    6.3 什么是击中, 为什么它对NGS 十分重要? 69
    6.4 记分: 为什么NGS 的记分不同? 71
    6.5 NGS 序列分析的策略 72
    6.6 后续数据分析 73
    7 DNASTAR 的新一代软件 77
    7.1 个人基因组及个性化医疗 77
    7.2 新一代DNA 测序———作为个性化基因组学的方法 77
    7.3 不同平台的优势 78
    7.4 计算机挑战 78
    7.5 DNASTAR 的新一代软件解决方案 79
    7.6 结论 81
    第四部分 新兴测序技术
    8 实时DNA 测序 85
    8.1 全基因组分析 85
    8.2 个性化医疗和药物基因组学 85
    8.3 生物防御、法医、DNA 测试和基础研究 86
    8.4 简单精巧: 实时DNA 测序 86
    9 使用Z 型DNA 分子替换的TEM 直接测序 89
    9.1 引言 89
    9.2 方法的逻辑性 89
    9.3 优化改良核苷酸鉴定技术进行DNA 序列单独聚合的TEM 目力分辨率 91
    9.4 TEM 基板和可视化 91
    9.5 利用聚合酶进行Z-标签核苷酸整合 93
    9.6 当前和新的测序技术 94
    9.7 精度 95
    9.8 ZS 遗传学公司提出的DNA 测序技术的优势 96
    9.9 更长读序列的优势 96
    10 单分子DNA 条形码方法及其在DNA 图谱和分子单体型中的应用 102
    10.1 引言 102
    10.2 单分子DNA 条形码方法中的关键技术 103
    10.3 单分子DNA 图谱 105
    10.4 分子单体型 108
    10.5 讨论 112
    11 光学测序: 从图像化的单分子模板采集 116
    11.1 引言 116
    11.2 光学测序循环 117
    11.3 光学测序的展望 129
    12 基于微芯片的Sanger DNA 测序 131
    12.1 基因组学分析的集成微流体装置 131
    12.2 Sanger 测序微流体器件上网络聚合物的改进 133
    12.3 结论 136
    第五部分 新一代测序: 真实地整合基因组分析
    13 应用配对末端双标签多重测序进行转录组和基因组分析 143
    13.1 引言 143
    13.2 配对末端双标签(PET) 分析的发展 144
    13.3 利用GIS-PET 进行转录组分析 145
    13.4 利用ChIP-PET 在全基因组上定位转录因子结合位点和表观遗传修饰 147
    13.5 利用ChIA-PET 在全基因组上鉴定长距离互作 150
    13.6 展望 152
    14 利用454 测序平台研究古基因组学 157
    14.1 引言 157
    14.2 DNA 降解的挑战 158
    14.3 DNA 降解对古基因组学研究的影响 158
    14.4 降解与测序的准确性 160
    14.5 样品污染 162
    14.6 解决DNA 损伤的方法 164
    14.7 解决污染的方法 165
    14.8 还存在哪些基本问题, 将来的前景如何 167
    15 ChIP- seq: 蛋白质-DNA 互作作图 171
    15.1 引言 171
    15.2 历史 171
    15.3 染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq) 方法 172
    15.4 基于双脱氧标签Sanger 测序 173
    15.5 基于杂交的标签测序 174
    15.6 边合成边测序的应用 175
    15.7 ChIP-seq 的医学应用 177
    15.8 挑战 178
    15.9 ChIP-seq 方法的展望 179
    16 新一代测序技术在MicroRNA 的发现和表达谱研究中的应用 184
    16.1 miRNA 的背景介绍 184
    16.2 miRNA 的鉴定 184
    16.3 实验方法 185
    16.4 验证 191
    16.5 展望 191
    17 基于标签的转录组学分析DeepSAGE, 优于微阵列 195
    17.1 引言 195
    17.2 DeepSAGE 196
    17.3 数据分析 200
    17.4 基于标签的转录组表达谱的比较 202
    17.5 表达谱未来的展望 203
    18 新基因组学和个人基因组信息: 伦理学问题 207
    18.1 新基因组学和个人基因组信息: 伦理学问题 207
    18.2 新基因组学: 它的特点是什么? 207
    18.3 伦理学的革新: 为什么我们需要它? 208
    18.4 限制条款: 全基因组学和本地伦理学观 208
    18.5 医学伦理学和希波克拉底保密性 208
    18.6 生物医学伦理学的原则 209
    18.7 临床研究和知后同意 209
    18.8 大规模研究伦理学: 新观念 210
    18.9 个人基因组 210
    18.10 个人基因组计划: 允许信息公开 212
    英汉对照词汇 215
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