家蚕是完成了基因组框架图、精细图和遗传变异图的少数物种之一。本书是作者团队历经十年研究所完成的家蚕基因组计划的总结，系统阐述了家蚕基因组的结构与进化；家蚕基因表达及蛋白质组；家蚕重要蛋白质编码基因家族及小RNA；家蚕变态发育、性别决定、免疫防御、丝蛋白生物合成，以及食性与化学感受的分子基础；家蚕基因功能研究平台技术；家蚕基因组数据库等研究进展。 本书既可作为蚕学及昆虫基因组和功能基因组研究的参考书，也可作为特种动物学、昆虫学和生物学等学科研究生的教材。
样章试读
目录
- 第1章 家蚕基因组计划
1.1 基因组计划的产生和发展
1.1.1 人类基因组计划
1.1.2 重要模式生物基因组计划
1.2 家蚕基因组计划
1.2.1 家蚕基因组计划的提出
1.2.2 家蚕基因组框架图
1.2.3 家蚕基因组精细图
1.2.4 家蚕基因组遗传变异图
1.2.5 家蚕功能基因组学研究
1.3 家蚕基因组框架图
1.3.1 家蚕基因组框架图测序的策略
1.3.2 家蚕EST测序
1.3.3 家蚕基因组文库构建及测序
1.3.4 家蚕基因组框架图序列的组装
1.3.5 家蚕基因组框架图的注释
1.4 家蚕基因组精细图
1.4.1 家蚕基因组精细图组装策略
1.4.2 家蚕基因组精细图的组装
1.4.3 家蚕基因组精细图序列的染色体定位
1.4.4 家蚕基因组精细图的注释
1.5 家蚕基因组遗传变异图
1.5.1 基因组遗传变异图
1.5.2 家蚕SNP研究
1.5.3 家蚕高精度遗传变异图构建策略
1.5.4 家蚕高精度遗传变异图的特征
1.5.5 家蚕高精度遗传变异图的应用前景
第2章 家蚕基因组结构和进化
2.1 家蚕核基因组
2.1.1 家蚕核基因组的基本特征
2.1.2 家蚕核基因组的组成
2.1.3 家蚕W染色体的结构特征
2.1.4 家蚕基因组共线性
2.1.5 蚕的核基因组多态性
2.2 家蚕核基因组中的重复序列
2.2.1 家蚕串联重复序列
2.2.2 家蚕转座子
2.2.3 家蚕基因组中转座子分布
2.3 家蚕线粒体基因组
2.3.1 家蚕线粒体基因组基本特征
2.3.2 家蚕线粒体基因组结构
2.3.3 家蚕线粒体基因组与核基因组间的遗传物质交换
2.3.4 蚕线粒体基因组多态性
2.3.5 蚕线粒体重组
2.4 家蚕起源进化研究
2.4.1 基于核基因组的家蚕起源进化研究
2.4.2 基于线粒体基因的家蚕起源进化研究
2.5 家蚕的驯化
2.5.1 基于核基因组的家蚕驯化研究
2.5.2 基于线粒体基因组的家蚕驯化研究
第3章 蚕的基因及其表达
3.1 家蚕的基因
3.1.1 家蚕的基因数目
3.1.2 家蚕蛋白质编码基因
3.1.3 家蚕非蛋白质编码基因
3.2 家蚕基因的功能注释
3.2.1 家蚕基因功能的GO注释
3.2.2 基于序列相似性的基因功能注释
3.2.3 基于蛋白质结构域的基因功能预测
3.2.4 基于直系同源数据库的基因功能注释
3.3 家蚕全基因组表达图谱
3.3.1 基因芯片原理
3.3.2 家蚕全基因组芯片的设计
3.3.3 家蚕组织基因表达谱的全基因组芯片分析
3.3.4 家蚕全基因组芯片和表达图谱的应用
3.3.5 家蚕全基因组表达图谱的其他分析策略
3.4 家蚕mRNA的选择性剪接
3.4.1 mRNA加工中的选择性剪接
3.4.2 家蚕mRNA的选择性剪接
3.4.3 家蚕mRNA选择性剪接的基因组分析
第4章 蚕的基因家族
4.1 基因家族的形成和进化
4.1.1 基因家族形成的分子机制
4.1.2 重复基因的命运
4.1.3 基因家族进化分析方法
4.2 家蚕锌指蛋白基因家族
4.2.1 家蚕C2H2锌指蛋白基因
4.2.2 锌指偶联结构域
4.2.3 家蚕C2H2型锌指蛋白基因的染色体分布
4.2.4 家蚕C2H2型锌指蛋白基因的亚家族
4.2.5 家蚕C2H2型锌指蛋白基因表达谱
4.3 家蚕30K蛋白基因家族
4.3.1 家蚕30K蛋白基因的鉴定与分类
4.3.2 家蚕30K蛋白基因的表达特征
4.3.3 家蚕30K蛋白基因的表达调控
4.3.4 家蚕典型30K蛋白的纯化
4.3.5 家蚕典型30K蛋白的功能
4.4 家蚕同源盒子(Homeobox)基因家族
4.4.1 Homeobox基因的分类
4.4.2 家蚕Homeobox基因家族
4.4.3 家蚕Hox基因群
4.4.4 家蚕特异的Shx基因群
4.5 家蚕P450基因家族
4.5.1 家蚕细胞色素P450基因的注释与进化
4.5.2 家蚕P450基因的染色体分布
4.5.3 家蚕P450基因内含子数目及分布
4.5.4 家蚕P450的表达特征
4.5.5 家蚕P450基因的功能
4.6 家蚕表皮蛋白基因家族
4.6.1 家蚕的表皮
4.6.2 家蚕表皮蛋白基因家族
4.6.3 家蚕表皮蛋白基因的表达
4.6.4 家蚕表皮蛋白基因进化与功能
4.7 家蚕神经肽基因家族
4.7.1 家蚕的神经肽基因
4.7.2 家蚕成熟神经肽的预测
4.7.3 家蚕神经肽的序列特征
第5章 家蚕丝氨酸蛋白酶及其抑制剂
5.1 家蚕丝氨酸蛋白酶
5.1.1 家蚕丝氨酸蛋白酶基因的鉴定与分析
5.1.2 家蚕丝氨酸蛋白酶的表达特征
5.1.3 家蚕丝氨酸蛋白酶的功能
5.2 家蚕丝氨酸蛋白酶抑制剂
5.2.1 丝氨酸蛋白酶抑制剂的分类
5.2.2 昆虫丝氨酸蛋白酶抑制剂
5.2.3 家蚕丝氨酸蛋白酶抑制剂的鉴定及表达特征
5.2.4 家蚕胰凝乳蛋白酶抑制剂
5.2.5 家蚕胰蛋白酶抑制剂
5.2.6 家蚕其他丝氨酸蛋白酶抑制剂
第6章 家蚕变态发育的激素调控
6.1 家蚕变态发育与相关激素
6.1.1 家蚕变态发育
6.1.2 调控家蚕变态发育的激素
6.1.3 家蚕变态发育相关激素的分子结构
6.1.4 变态发育相关激素的滴度变化
6.2 家蚕蜕皮激素
6.2.1 Ecd的生物合成
6.2.2 Ecd的代谢
6.2.3 Ecd的信号转导
6.3 家蚕保幼激素
6.3.1 JH的生物合成
6.3.2 JH的代谢
6.3.3 JH的信号转导
6.4 家蚕变态发育相关的神经肽激素
6.4.1 脑激素
6.4.2 促前胸腺激素
6.4.3 滞育激素
6.4.4 其他神经肽激素
第7章 家蚕性别决定基因及分子机制
7.1 家蚕的性决定
7.1.1 W染色体
7.1.2 Z染色体
7.2 家蚕性别决定网络
7.2.1 家蚕性别决定同源基因
7.2.2 家蚕性别决定分子网络
7.3 家蚕性别决定的分子机制
7.3.1 Bmdsx的鉴定及其调控
7.3.2 Bmdsx上游调控因子的鉴定
7.3.3 家蚕Fem候选基因的克隆
第8章 家蚕免疫防御的分子机制
8.1 家蚕基因组中的免疫相关基因
8.1.1 模式识别受体
8.1.2 免疫信号调节
8.1.3 信号转导通路和关键因子
8.1.4 效应系统
8.1.5 其他免疫相关基因
8.1.6 免疫基因进化特征
8.2 家蚕抗菌肽
8.2.1 编码天蚕素(cecropin)抗菌肽的基因
8.2.2 编码Moricin的抗菌肽基因
8.2.3 编码葛佬素的抗菌肽基因
8.2.4 其他类抗菌肽基因
8.2.5 抗菌肽进化与功能分化
8.3 家蚕抗菌肽基因表达调控机制
8.3.1 组织特异性
8.3.2 免疫基因的调控元件
8.3.3 免疫基因的转录因子
8.3.4 抗菌肽表达调控网络
8.4 家蚕全基因组免疫应答
8.4.1 非病原细菌的免疫应答
8.4.2 病原细菌的免疫应答
8.4.3 NPV病毒的免疫应答
第9章 家蚕丝蛋白的生物合成
9.1 家蚕丝腺发生和生长
9.1.1 家蚕丝腺的发生
9.1.2 家蚕丝腺细胞的复制
9.1.3 家蚕丝腺的生长与激素调控
9.2 家蚕丝蛋白基因表达及调控
9.2.1 丝素基因
9.2.2 丝胶基因
9.2.3 tRNA基因
9.2.4 丝蛋白基因的转录调控
9.3 家蚕茧丝突变品种
9.3.1 茧丝合成突变品种
9.3.2 茧色突变品种
9.4 家蚕丝腺组织基因组表达谱
9.4.1 家蚕丝腺组织特异表达基因
9.4.2 丝腺与非丝腺组织共表达基因
9.4.3 家蚕前部/中部和后部丝腺差异表达基因分析
9.4.4 家蚕丝腺蛋白质组学研究
9.5 家蚕丝腺的改造与应用
9.5.1 利用转基因技术培育彩色茧品种
9.5.2 利用转基因技术改造蚕丝机械性能
9.5.3 利用转基因技术在家蚕丝腺中表达有用蛋白
第10章 家蚕的食性与化学感受受体
10.1 家蚕的食性遗传
10.1.1 家蚕的食性行为
10.1.2 家蚕取食行为影响因素
10.2 家蚕食性决定机制
10.2.1 家蚕食性突变的遗传学研究
10.2.2 家蚕食性的生理学及分子生物学研究
10.3 家蚕化学感受信号传导途径中相关蛋白
10.3.1 家蚕气味结合蛋白
10.3.2 家蚕感受神经膜蛋白
10.3.3 家蚕化学感受受体
10.3.4 家蚕气味降解酶
10.4 家蚕对桑叶的适应机制
10.4.1 家蚕味觉感受系统对食物营养平衡的评估
10.4.2 家蚕消化系统内部反馈对食性决定的影响
第11章 家蚕小RNA
11.1 microRNA概述
11.1.1 microRNA的发现
11.1.2 microRNA的产生和作用机制
11.1.3 microRNA的功能
11.1.4 microRNA调节与激素调节
11.1.5 家蚕microRNA研究的必要性
11.2 家蚕microRNA的基因组鉴定
11.2.1 miRBase中的家蚕microRNA
11.2.2 家蚕microRNA的测序
11.2.3 家蚕特有的microRNA
11.2.4 保守的家蚕microRNA
11.2.5 表达量高于microRNA的microRNA_*
11.2.6 家蚕let-7microRNA
11.2.7 测序读数高于现在miRBase中已经报道的microRNA
11.2.8 家蚕基因组上的microRNA簇和microRNA同源体
11.2.9 家蚕microRNA在基因组上的位置
11.2.10 家蚕正义和反义microRNA
11.3 家蚕microRNA的时序表达
11.3.1 家蚕的变态发育过程和典型生物学特性
11.3.2 家蚕microRNA芯片设计
11.3.3 家蚕microRNA的全周期检测
11.3.4 家蚕microRNA在胚胎发育过程中的表达模式
11.3.5 microRNA在幼虫的龄期和眠期节律性表达
11.3.6 microRNA在蛹变态过程中的表达模式
11.4 家蚕microRNA的空间分布
11.4.1 五龄第3天雌雄不同组织中microRNA的鉴定
11.4.2 microRNA的性别差异性表达
11.4.3 microRNA在变态组织中的动态表达模式
11.4.4 双臂microRNA和正反义microRNA的差异表达和协同表达
11.5 家蚕let-7的表达和功能研究
11.5.1 异时性microRNA与相关功能
11.5.2 家蚕let-7的预测和序列特征
11.5.3 bmo-let-7在家蚕幼虫一龄眠末期开始表达
11.5.4 bmo-let-7在家蚕幼虫阶段的精细表达模式
11.5.5 bmo-let-7在家蚕蛹期变态过程中的表达模式
11.5.6 bmo-let-7在家蚕五龄第3天雌雄不同组织中的差异表达
11.5.7 bmo-let-7在家蚕变态组织中的时序表达
11.5.8 蜕皮激素对bmo-let-7的表达影响
11.6 家蚕的其他小RNA
第12章 蚕的蛋白质组
12.1 蛋白质组学及其分析技术
12.1.1 蛋白质组学——功能基因组研究的重要环节
12.1.2 蛋白质组学分析技术
12.2 家蚕蛋白质组学研究
12.2.1 家蚕蛋白质图谱和质谱鉴定
12.2.2 家蚕比较蛋白质组学
12.3 家蚕重要功能蛋白质的鉴定
12.3.1 家蚕茧丝相关的功能蛋白
12.3.2 免疫机制关联的功能蛋白
12.3.3 家蚕发育相关的功能蛋白
12.4 家蚕蛋白质组数据库
第13章 家蚕功能基因组平台技术
13.1 家蚕功能基因组学研究平台
13.1.1 破译家蚕遗传密码的“钥匙”
13.1.2 对蚕丝产业的影响
13.1.3 作为模式昆虫与害虫模型
13.1.4 家蚕是重要的生物工厂
13.2 家蚕转基因技术
13.2.1 家蚕转基因技术的早期研究
13.2.2 基于piggyBac等转座子的家蚕转基因技术
13.2.3 其他家蚕转基因技术
13.2.4 家蚕转基因技术在基因功能鉴定中的应用
13.2.5 家蚕转基因技术问题与展望
13.3 家蚕RNA干扰技术
13.3.1 RNA干扰的分子机制及其在家蚕的进化特征
13.3.2 家蚕RNA干扰技术的建立
13.3.3 家蚕RNA干扰技术的应用
13.4 家蚕突变基因定位克隆技术
13.4.1 家蚕突变资源及遗传图谱
13.4.2 早期突变基因克隆
13.4.3 基于分子连锁的突变基因定位克隆原理
13.4.4 家蚕突变基因定位克隆基本流程与方法
13.4.5 家蚕重要突变基因的定位与克隆
13.4.6 家蚕QTL定位研究
第14章 家蚕基因组生物信息数据库
14.1 家蚕相关生物信息学资源
14.1.1 NCBI数据库
14.1.2 家蚕EST数据库
14.1.3 家蚕芯片数据库
14.1.4 家蚕基因组数据库
14.2 家蚕基因组数据库SilkDB的访问与使用
14.2.1 SilkDB数据库信息浏览方法
14.2.2 SilkDB数据库中的在线分析工具
14.2.3 SilkDB的更新与访问
14.3 家蚕功能基因的信息发掘
14.3.1 家蚕Bmlark基因的EST电子克隆鉴定
14.3.2 Bmlark基因基本信息分析
14.3.3 Bmlark基因结构及染色体定位
14.3.4 Bmlark基因的基因表达分析
14.3.5 Bmlark基因功能推测
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