本书是国内外第一部有关牡丹种质资源及分子标记研究的著作。共15章，基本涵盖了目前牡丹DNA分子标记研究领域的各个层面，包括：牡丹种质资源研究、DNA分子标记技术概述、DNA分子标记实验技术、牡丹随机扩增多态性DNA分子标记、牡丹扩增片段长度多态性标记、牡丹相关序列扩增多态性标记、牡丹目标起始密码子多态性标记、牡丹保守DNA衍生多态性标记、牡丹简单重复序列分子标记引物开发、牡丹简单重复序列分子标记、牡丹简单重复序列区间分子标记、牡丹反转录转座子序列的分离、牡丹序列特异扩增多态性分子标记、牡丹iPBS分子标记、牡丹RRSAP分子标记、基于牡丹叶绿体DNA和核糖体DNA的分子标记。
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序
前言
第一章 牡丹种质资源研究 1
第一节 牡丹种质资源 1
一、牡丹野生种质资源 2
二、牡丹栽培品种资源 6
第二节 牡丹种质资源研究进展 9
一、牡丹种质资源研究方法 9
二、牡丹野生种质资源亲缘关系研究 14
三、栽培牡丹与野生种遗传关系的研究 16
四、牡丹栽培品种研究 18
五、牡丹核心种质研究 20
六、牡丹遗传图谱研究 21
第三节 牡丹DNA 分子标记研究意义 22
第二章 DNA 分子标记技术概述 23
第一节 DNA 分子标记类型 23
一、基于Southern 杂交的分子标记 24
二、基于PCR 技术的分子标记 24
三、基于DNA 序列和芯片的分子标记 25
第二节 主要DNA 分子标记技术多态性原理及在牡丹中的应用 27
一、基于通用引物的DNA 分子标记 27
二、基于重复序列的分子标记多态性原理 29
三、基于反转录转座子的DNA 分子标记多态性原理 32
第三章 DNA 分子标记实验技术 36
第一节 牡丹基因组DNA 的提取 36
一、改良CTAB 法提取牡丹基因组DNA 36
二、SDS 法提取牡丹基因组DNA 38
三、月桂酰基肌氨酸钠提取牡丹基因组DNA 39
四、牡丹基因组DNA 的快速提取方法 40
第二节 牡丹DNA 的定量与纯度检测 41
一、紫外光谱分析 41
二、二苯胺显色法分析 42
三、琼脂糖凝胶电泳检测 43
四、Nanodrop 测定DNA 浓度 44
五、Qubit 测定DNA 浓度 45
第三节 引物设计 45
一、引物设计的主要步骤 46
二、引物设计原则 48
第四节 聚合酶链反应 49
一、PCR 操作步骤 49
二、PCR 反应体系的组成与反应条件的优化 50
第五节 牡丹DNA 分子标记电泳检测方法 53
一、琼脂糖凝胶电泳检测 53
二、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 55
三、DNA 银染 56
第六节 序列的克隆方法 58
一、扩增产物的回收与纯化 59
二、LB 固、液培养基的制备 59
三、大肠杆菌感受态细胞的制备 60
四、回收产物的克隆和转化 60
五、大肠杆菌质粒的提取及阳性菌检测 61
第四章 牡丹随机扩增多态性DNA 分子标记 63
第一节 RAPD 分子标记技术概述 63
一、RAPD 分子标记技术原理 63
二、RAPD 分子标记技术特点 63
第二节 RAPD 分子标记的研究与应用 64
一、RAPD 在植物研究中的应用 64
二、RAPD 在牡丹研究中的应用 67
第五章 牡丹扩增片段长度多态性分子标记 69
第一节 AFLP 分子标记技术概述 69
一、AFLP 分子标记技术原理 69
二、AFLP 分子标记关键技术 70
三、AFLP 分子标记技术特点 71
第二节 AFLP 分子标记的研究与应用 72
一、AFLP 分子标记在植物研究中的应用 72
二、AFLP 分子标记在牡丹研究中的应用 75
第三节 牡丹品种遗传多样性的AFLP 分析 76
一、材料与方法 76
二、不同引物组合扩增产物的多态性 79
三、聚类分析 80
四、AFLP 指纹图谱的特征和不同引物组合的检测效率 81
五、讨论 82
第六章 牡丹相关序列扩增多态性分子标记 84
第一节 SRAP 分子标记技术概述 84
一、SRAP 分子标记技术原理 84
二、SRAP 分子标记关键技术 85
三、SRAP 分子标记技术特点 85
第二节 SRAP 分子标记的研究与应用 86
一、SRAP 分子标记在植物研究中的应用 86
二、SRAP 分子标记在牡丹研究中的应用 88
第三节 牡丹SRAP-PCR 反应体系的建立 89
一、材料与方法 89
二、牡丹SRAP 反应体系的正交优化结果 91
三、讨论 92
第四节 不同花色牡丹品种亲缘关系的SRAP 分析 93
一、材料与方法 93
二、不同引物组合扩增结果的多态性分析 95
三、聚类分析 97
四、主坐标分析 97
五、讨论 99
第七章 牡丹目标起始密码子多态性分子标记 100
第一节 SCoT 分子标记技术概述 100
一、SCoT 分子标记技术原理 100
二、SCoT 分子标记技术特点 101
三、SCoT 分子标记的研究与应用 102
第二节 牡丹SCoT 分子标记正交优化及引物筛选 103
一、材料与方法 103
二、牡丹SCoT 反应体系的正交优化分析 105
三、SCoT-PCR 反应体系稳定性验证及引物的筛选 107
第三节 不同花色牡丹种质资源SCoT 分析 109
一、材料与方法 109
二、扩增产物多态性分析 111
三、聚类分析 111
四、讨论 112
第八章 牡丹保守DNA 衍生多态性分子标记 114
第一节 CDDP 分子标记概述 114
一、CDDP 分子标记技术原理 114
二、CDDP 分子标记技术特点 115
第二节 CDDP 分子标记的研究与应用 117
一、CDDP 分子标记在植物研究中的应用 117
二、CDDP 分子标记在牡丹研究中的应用 117
第九章 牡丹简单重复序列分子标记引物开发 120
第一节 牡丹SSR 分子标记引物的开发方法 120
一、数据库查询 120
二、磁珠富集法开发SSR 引物 121
三、二代测序技术开发SSR 引物 122
第二节 磁珠富集法开发牡丹SSR 标记引物 123
一、材料与方法 123
二、微卫星序列分离与分析 126
三、微卫星引物设计 129
第三节 基于EST 序列开发牡丹SSR 标记引物 130
一、材料与方法 131
二、牡丹EST-SSR 分析 132
三、牡丹EST-SSR 引物的开发与筛选 134
第十章 牡丹简单重复序列分子标记 137
第一节 SSR 分子标记技术概述 137
一、SSR 分子标记研究发展 137
二、SSR 分子标记技术原理 138
三、SSR 分子标记技术特点 138
第二节 SSR 分子标记研究与应用 139
一、在植物研究中的应用 139
二、牡丹基因组中SSR 分子标记的频率及分布 141
三、SSR 分子标记在牡丹研究中的应用 142
第三节 不同牡丹种质资源SSR 评价分析 144
一、材料与方法 145
二、多态性SSR 引物的筛选 146
三、SSR 扩增产物多态性分析 146
四、聚类分析 147
五、讨论 148
第十一章 牡丹简单重复序列区间分子标记 151
第一节 ISSR 分子标记概述 151
一、ISSR 分子标记技术原理 151
二、ISSR 分子标记技术特点 154
第二节 ISSR 分子标记的研究与应用 154
一、ISSR 分子标记在植物研究中的应用 154
二、ISSR 分子标记在牡丹研究中的应用 156
第十二章 牡丹反转录转座子序列的分离 160
第一节 植物反转录转座子 161
一、植物反转录转座子概述 161
二、反转录转座子的类型及结构 162
第二节 牡丹反转录转座子LTR 序列的分离 164
一、巢式PCR 方法分离牡丹LTR 序列 164
二、利用iPBS 方法分离牡丹反转录转座子LTR 序列 173
第三节 牡丹LINE 类反转录转座子RT 序列的克隆及分析 178
一、材料与方法 178
二、PCR 反应体系及扩增程序的优化 179
三、牡丹LINE 类反转录转座子RT 序列的普遍存在性 181
四、牡丹LINE 类反转录转座子RT 序列的分析 181
五、牡丹LINE 类反转录转座子RT 序列聚类分析 189
六、讨论 191
第四节 植物LTR 类反转录转座子序列分析方法 192
一、LTR 类反转录转座子序列的比对软件 192
二、LTR 类反转录转座子序列的识别鉴定软件 194
三、LTR 类反转录转座子分析识别流程 196
四、讨论 197
第十三章 牡丹序列特异扩增多态性分子标记 199
第一节 SSAP 分子标记技术概述 199
一、SSAP 分子标记技术原理 199
二、SSAP 分子标记技术特点 200
第二节 牡丹种质资源SSAP 分子标记分析 200
一、材料与方法 200
二、引物筛选 206
三、SSAP 多态性分析 207
四、SSAP 聚类分析 209
五、DNA 指纹图谱构建 212
六、讨论 217
第十四章 牡丹iPBS 和RRSAP 分子标记 219
第一节 iPBS 分子标记概述 219
一、iPBS 分子标记技术特点 219
二、iPBS 分子标记的研究与应用 220
第二节 牡丹组野生种（居群）和部分栽培种遗传多样性的iPBS 分析 221
一、材料与方法 221
二、PCR 扩增结果 223
三、iPBS 遗传相似系数分析 223
四、iPBS 聚类分析 225
五、讨论 226
第三节 牡丹RRSAP 分子标记概述 227
第四节 部分牡丹种质资源亲缘关系的RRSAP 分子标记研究 228
一、材料与方法 228
二、引物筛选结果 231
三、RRSAP 分子标记多态性分析 231
四、RRSAP 分子标记相似系数 234
五、RRSAP 分子标记聚类分析 234
六、讨论 235
第十五章 其他分子标记方法 237
第一节 基于叶绿体DNA 的分子标记 237
一、叶绿体DNA 的结构和特点 237
二、基于叶绿体DNA 的分子标记及应用 239
三、基于叶绿体DNA 的分子标记在牡丹中的应用 240
第二节 基于核糖体DNA 的分子标记 242
一、核糖体DNA 的结构与特点 242
二、基于核糖体DNA 的分子标记在植物中的应用 243
三、基于核糖体DNA 的分子标记在牡丹中的应用 244
参考文献 246
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